Finanční zdroje v ČR lze rozdělit na národní programy, financované ze státního rozpočtu, a na operační programy, administrující finance ze strukturálních a investičních fondů EU.

Národní programy zabezpečují následující instituce:

• Grantová agentura ČR (GA ČR)
  GA ČR poskytuje účelovou podporu na grantové projekty v oblasti základního výzkumu, jejichž cíle a způsoby řešení určuje uchazeč o grant.
• Technologická agentura ČR (TA ČR) má za úkol podporovat spolupráci mezi výzkumnými organizacemi a podnikatelskou sférou, vyhlašuje programy na podporu aplikovaného výzkumu, experimentálního vývoje a inovací.
  
  Nejvýznamnější programy TA ČR jsou:
  • BETA řeší potřeby státní správy ve výzkumu, experimentálním vývoji a inovacích prostřednictvím veřejných zakázek.
  • GAMA je zaměřen na podporu ověření výsledků aplikovaného výzkumu a experimentálního vývoje z hlediska jejich praktického uplatnění a na přípravu jejich následného komerčního využití. V rámci programu GAMA 2 se od roku 2020 chystá podpora pro projekty, které získají dobré hodnocení při žádosti o podporu z unijního programu Horizon Europe, ale nedostane se na ně kvůli omezenému rozpočtu.
  • DELTA je zaměřen na podporu mezinárodní spolupráce v aplikovaném výzkumu a experimentálním vývoji prostřednictvím společných projektů českých podniků a výzkumných organizací s jejich zahraničními partnery.
  • EPSILON je zaměřen zejména na zlepšení pozice českého a v globálním kontextu i evropského průmyslu pomocí podpory projektů aplikovaného výzkumu a experimentálního vývoje, jejichž výsledky mají vysoký potenciál pro rychlé uplatnění v nových produktech, výrobních postupech a službách, zejména v prioritních oblastech Konkurenceschopná ekonomika založená na znalostech, Udržitelnost energetiky a materiálových zdrojů a Prostředí pro kvalitní život.
  • ZÉTA je zaměřen na podporu spolupráce akademické sféry a podniků prostřednictvím zapojení studentů a mladých výzkumníků do 35 let věku.
  • ÉTA je program na podporu aplikovaného společenskovědního a humanitního výzkumu, experimentálního vývoje a inovací
  • V programu KAPPA TA ČR spravuje prostředky, které na podporu aplikovaného výzkumu, experimentálního vývoje a inovací poskytují Norsko, Island a Lichtenštejnsko.
  • Program Národní centra kompetence má provázat existující Centra kompetence, Centra excelence a VaVpI Centra s dalšími výzkumnými centry a jednotkami do integrovaného systému, kde bude realizován kvalitní aplikovaný výzkum podle potřeb aplikační sféry.
    
    TA ČR také spravuje programy, jejich náplň určují Ministerstvo průmyslu a obchodu (program TREND), Ministerstvo dopravy (DOPRAVA 2020+) a Ministerstvo životního prostředí (Prostředí pro život).
  • Program TREND je určen na podporu projektů průmyslového výzkumu a experimentálního vývoje a na zavádění jejich výsledků do praxe, zejména do průmyslové výroby a do nabídky produktů na trhu.
  • Program DOPRAVA 2020+ je zaměřen na podporu projektů aplikovaného výzkumu a experimentálního vývoje, jejichž výsledky mají vysoký potenciál pro posílení společenských a ekonomických přínosů dopravy.
  • Program Prostředí pro život podporuje nová řešení v oblasti životního prostředí a rozšiřování znalostí, které mají přispět k zajištění zdravého a kvalitního životního prostředí a k udržitelnému využívání zdrojů.
• Národní agentura pro zemědělský výzkum (NAZV) zřízená Ministerstvem zemědělství (MZe).
  Agentura NAZV zajišťuje kompletní přípravu a vyhlášení resortních programů výzkumu MZe. V současnosti se jedná o Program aplikovaného výzkumu MZe na období 2017 – 2025 – ZEMĚ.
  
  Program podporuje aktivity v devíti výzkumných oblastech: půda, voda, biodiverzita, lesnictví a navazující odvětví, rostlinná produkce a rostlinolékařství, produkce potravin, zemědělská technika a bioekonomie. Aktivity v těchto výzkumných směrech jsou podporovány v rámci dvou podprogramů:
  • Podprogram I – Podpora inovativního zemědělství a lesnictví prostřednictvím pokročilých postupů a technologií – předpokládané výdaje podprogramu za období 2017 – 2025 ze státního rozpočtu činí cca 2,5 mld Kč, z neveřejných zdrojů cca 100 mil. Kč, celkem 2,6 mld Kč.
  • Podprogram II – Podpora státní politiky v agrárním sektoru - – předpokládané výdaje podprogramu za období 2017 – 2025 budou hrazeny vesměs ze státního rozpočtu, ve výši cca 1,067 mld. Kč.
• Agentura pro zdravotnický výzkum (AZV) zřízená Ministerstvem zdravotnictví
  AZV administruje Program na podporu zdravotnického aplikovaného výzkumu a vývoje na léta 2015 – 2022, jehož cílem je zajištění mezinárodně srovnatelné úrovně zdravotnického výzkumu a využití jeho výsledků pro zlepšení zdraví české populace.
• Ministerstvo kultury (MK)
  Výzkumným programem MK je Program aplikovaného výzkumu a vývoje národní a kulturní identity na léta 2016 až 2022 (NAKI II), zaměřený na získávání nových poznatků a dovedností, využitelných pro vývoj nových nebo značně zdokonalených výrobků, postupů nebo služeb.
• Ministerstvo vnitra (MV)
  MV poskytuje podporu na výzkumné a vývojové aktivity v oblasti bezpečnosti státu a jeho občanů prostřednictvím Programu bezpečnostního výzkumu ČR 2015 – 2020.
• Ministerstvo průmyslu a obchodu (MPO)
  Program podpory výzkumu a vývoje TRIO, realizovaný v letech 2016 - 2021 je zaměřen na rozvoj v oblasti klíčových technologií (KETs) jako jsou fotonika, mikroelektronika a nanoelektronika, nanotechnologie, průmyslové biotechnologie, pokročilé materiály a pokročilé výrobní technologie.

Operační programy:

Pro vyrovnávání rozdílů mezi bohatšími a chudšími částmi vytváří Evropská unie několik fondů, označovaných jako Evropské strukturální a investiční fondy (ESIF). Konkrétně se jedná o tyto fondy:

Evropský fond pro regionální rozvoj (EFRR – European Regional Development Fund, ERDF)
Fond byl založen v roce 1975, objemem finančních prostředků je největším fondem. Je určen na modernizaci a posilování hospodářství, zejména podporou investičních (infrastrukturních) projektů, jako např. výstavba silnic a železnic, odstraňování ekologických zátěží, budování stokových systémů, podpora inovačního potenciálu podnikatelů, rozvoj a obnova sportovních areálů, rekonstrukce kulturních památek, výsadba regenerační zeleně, výstavba či oprava infrastruktury pro poskytování zdravotní péče, zavádění služeb elektronické veřejné správy apod.

Evropský sociální fond (European Social Fund, ESF)
ESF již od roku 1957 podporuje aktivity v oblastech zaměstnanosti a rozvoje lidských zdrojů. Fond je zaměřen na neinvestiční (neinfrastrukturní) projekty, jako např. rekvalifikace nezaměstnaných, speciální programy pro osoby se zdravotním postižením, děti, mládež, etnické menšiny a další znevýhodněné skupiny obyvatel, tvorbu inovativních vzdělávacích programů pro zaměstnance, rozvoj institucí služeb zaměstnanosti nebo vzdělávacích programů.

Fond soudržnosti (FS – Cohesion Fund, CF)
Fond vznikl v roce 1993 na podporu rozvoje chudších států, nikoli regionů. Podobně jako u ERDF jsou z něj podporovány investiční (infrastrukturní) projekty, avšak jen se zaměřením na dopravní infrastrukturu většího rozsahu (např. transevropské sítě), ochranu životního prostředí a na oblast energetické účinnosti a obnovitelných zdrojů energie.

Evropský zemědělský fond pro rozvoj venkova (EZFRV – European Agricultural Fund for Rural Development, EAFRD)
EAFRD v roce 2007 nahradil Evropský zemědělský podpůrný a záruční fond a je od té doby finančním nástrojem na podporu rozvoje venkova, který spadá do společné zemědělské politiky EU. Prostředky z EAFRD slouží ke zvýšení konkurenceschopnosti zemědělství a lesnictví, zlepšení životního prostředí a krajiny, kvality života ve venkovských oblastech a diverzifikace hospodářství venkova.

Evropský námořní a rybářský fond (ENRF – European Maritime and Fisheries Fund, EMFF)
EMFF nahradil Evropský rybářský fond (EFF) jako finanční nástroj na podporu rybolovu, který spadá do společné rybářské politiky EU. Fond podporuje projekty vedoucí k vyšší konkurenceschopnosti a ochraně životního prostředí. Financuje aktivity týkající se mořského i vnitrozemského rybolovu (např. odbahňování rybníků), investice míří také na modernizaci zpracovatelského průmyslu, modernizaci plavidel, podporu likvidace už nedostačujících plavidel, zlepšování akvakultury apod.

Evropské strukturální a investiční fondy si kladou za cíl podporovat rozvoj v následujících oblastech, pro něž je užíváno označení „tematické cíle" (TC):

1. Posílení výzkumu, technologického rozvoje a inovací;
2. Zlepšení přístupu k ICT, využití a kvality ICT
3. Zvýšení konkurenceschopnosti malých a středních podniků, odvětví zemědělství (v případě EZFRV) a odvětví rybářství a akvakultury (v případě ENRF);
4. Podpora posunu směrem k nízkouhlíkovému hospodářství ve všech odvětvích;
5. Podpora přizpůsobení se změně klimatu, předcházení rizikům a jejich řízení;
6. Zachování a ochrana životního prostředí a podporování účinného využívání zdroj
7. Podpora udržitelné dopravy a odstraňování překážek v klíčových síťových infrastrukturách.
8. Podpora udržitelné a kvalitní zaměstnanosti a podpora mobility pracovních sil;
9. Podpora sociálního začleňování a boj proti chudobě a veškeré diskriminaci;
10. Investice do vzdělávání, odborného vzdělávání, včetně odborné přípravy pro získání dovedností a do celoživotního učení.
11. Zvyšování institucionální kapacity veřejných orgánů a zúčastněných subjektů a zlepšování účinnosti veřejné správy.

Pro dosahování těchto cílů si členské země vytvářejí podle svých konkrétních podmínek místní operační programy (OP), v nichž jsou finance z komunitárních fondů zacíleny na rozvoj konkrétních témat. V ČR jsou finance ze strukturálních fondů soustředěny do následujících operačních programů:
OP Podnikání a inovace pro konkurenceschopnost, řízený Ministerstvem průmyslu a obchodu;

Operační program Podnikání a inovace pro konkurenceschopnost (OP PIK)
OP PIK má podporovat domácí firmy, aby se dokázaly prosadit na mezinárodním trhu, vytvářely díky tomu pracovní místa a byly s to při tom posilovat i environmentální dimenzi hospodářského rozvoje.
Kromě Technické pomoci má OP PIK čtyři prioritní osy (PO):
Prioritní osa 1: Výzkum a vývoje pro inovace
Prioritní osa 2: Podnikání a konkurenceschopnost malých a středních firem
Prioritní osa 3: Nakládání s energií, rozvoj energetické infrastruktury a obnovitelných zdrojů energie, Prioritní osa 4: Vysokorychlostní internet, informační a komunikační technologie

OP Výzkum, vývoj a vzdělávání, řízený Ministerstvem školství, mládeže a tělovýchovy;
Operační program Výzkum, vývoj a vzdělávání (OP VVV) je zaměřen na rozvoj lidských zdrojů pro znalostní ekonomiku a udržitelný rozvoj v sociálně soudržné společnosti a na podporu kvalitního výzkumu, pro který představuje kvalifikovaná pracovní síla klíčový vstupní faktor.

OP VVV má tři programové prioritní osy:
Prioritní osa 1: Posilování kapacit pro kvalitní výzkum
Prioritní osa 2: Rozvoj vysokých škol a lidských zdrojů pro výzkum a vývoj
Prioritní osa 3: Rovný přístup ke kvalitnímu předškolnímu, primárnímu a sekundárnímu vzdělávání

OP Zaměstnanost, řízený Ministerstvem práce a sociálních věcí;
Operační program Zaměstnanost (OP Z) má za cíl zkvalitnění lidského kapitálu, který je základním prvkem konkurenceschopnosti. V podrobnějším zaměření se OP Z zaměřuje na podporu rovných příležitostí žen a mužů, rozvoj adaptability zaměstnanců a zaměstnavatelů, dalšího vzdělávání, sociálního začleňování a boje s chudobou, modernizaci veřejné správy a služeb a podporu mezinárodní spolupráce a sociálních inovací v oblasti zaměstnanosti, sociálního začleňování a veřejné správy.

Kromě technické pomoci má OP Z čtyři hlavní priority:
Prioritní osa 1: Podpora zaměstnanosti a adaptability pracovní síly
Prioritní osa 2: Sociální začleňování a boj s chudobou
Prioritní osa 3: Sociální inovace a mezinárodní spolupráce
Prioritní osa 4: Efektivní veřejná správa

OP Doprava, řízený Ministerstvem dopravy;
Operační program Doprava (OP D) je jeden z největších operačních programů – připadá na něj zhruba 17 % ze všech prostředků pro ČR z evropských strukturálních a investičních fondů v daném programovém období. Hlavní cíle OP D jsou zkrácení cestovních dob, snížení negativních vlivů či hlukové zátěže, vyvedení tranzitní dopravy z center měst, zkvalitnění cestování a zlepšení dostupnosti veřejné dopravy pro osoby se zdravotním hendikepem.

OP D má tři hlavní prioritní osy:
Prioritní osa 1: Infrastruktura pro železniční a další udržitelnou dopravu
Prioritní osa 2: Silniční infrastruktura na síti TEN-T a veřejná infrastruktura pro čistou mobilitu
Prioritní osa 3: Silniční infrastruktura mimo síť TEN-T

Operační program Životní prostředí, řízený Ministerstvem životního prostředí;
Operační program Životní prostředí (OP ŽP) je zaměřen na ochranu a zajištění kvalitního prostředí pro život obyvatel, na podporu efektivního využívání zdrojů, eliminaci negativních dopadů lidské činnosti na životní prostředí a zmírňování dopadů změny klimatu.

OP ŽP má pět priorit:
Prioritní osa 1: Zlepšování kvality vod a snižování rizika povodní
Prioritní osa 2: Zlepšování kvality ovzduší v lidských sídlech
Prioritní osa 3: Odpady a materiálové toky, ekologické zátěže a rizika
Prioritní osa 4: Ochrana a péče o přírodu a krajinu
Prioritní osa 5: Energetické úspory

Integrovaný regionální operační program, řízený Ministerstvem pro místní rozvoj;
Integrovaný regionální operační program (IROP) je zaměřen na podporu vyváženého rozvoje území, zkvalitnění infrastruktury, zlepšení veřejných služeb a veřejné správy a zajištění udržitelného rozvoje v obcích, městech a regionech.

IROP má čtyři hlavní priority:
Prioritní osa 1: Konkurenceschopné, dostupné a bezpečné regiony
Prioritní osa 2: Zkvalitnění veřejných služeb a podmínek života pro obyvatele regionů
Prioritní osa 3: Dobrá správa území a zefektivnění veřejných institucí
Prioritní osa 4: Komunitně vedený místní rozvoj

OP Praha - pól růstu ČR, řízený Magistrátem hlavního města Prahy;
Operační program Praha – pól růstu je zaměřen na posílení výzkumu, technologického rozvoje a inovací, udržitelnou mobilitu a energetické úspory, podporu sociálního začleňování a boj proti chudobě, vzdělání a vzdělanost a na podporu zaměstnanosti.

Těchto cílů má být dosaženo prostřednictví čtyř prioritních os:
Prioritní osa 1: Posílení výzkumu, technologického rozvoje a inovací
Prioritní osa 2: Udržitelná mobilita a energetické úspory
Prioritní osa 3: Podpora sociálního začleňování a boj proti chudobě
Prioritní osa 4: Vzdělání a vzdělanost a podpora zaměstnanosti

OP Rybářství 2014-2020, řízený Ministerstvem zemědělství;
Operační program Rybářství cílí na udržitelnou a konkurenceschopnou akvakulturu založenou na inovacích, konkurenceschopnosti, znalostech a účinnějším využití zdrojů, na rozvoj udržitelného chovu ryb a zajištění rovnoměrných dodávek sladkovodních ryb během roku na domácí trh, jakož i na rozvoj mimoprodukčních funkcí rybníků.

OP R má tři podporované oblasti:
Priorita 2: Podpora environmentálně udržitelné, inovativní a konkurenceschopné akvakultury založené na znalostech a účinně využívající zdroje
Priorita 3: Podpora provádění společné rybářské politiky
Priorita 5: Podpora uvádění na trh a zpracování

Program rozvoje venkova, řízený Ministerstvem zemědělství;
Hlavním cílem Programu rozvoje venkova je obnova, zachování a zlepšení ekosystémů závislých na zemědělství prostřednictvím zejména agroenvironmentálních opatření, dále investice pro konkurenceschopnost a inovace zemědělských podniků, podpora vstupu mladých lidí do zemědělství nebo krajinná infrastruktura. Program také podporuje diverzifikaci ekonomických aktivit ve venkovském prostoru s cílem vytvářet nová pracovní místa a zvýšit hospodářský rozvoj.

Cíle programu jsou naplňovány prostřednictvím šesti prioritních oblastí:
Priorita 1: Podpora předávání poznatků a inovací v zemědělství, lesnictví a ve venkovských oblastech
Priorita 2: Zvýšení životaschopnosti zemědělských podniků a konkurenceschopnosti všech druhů zemědělské činnosti ve všech regionech a podpora inovativních zemědělských technologií a udržitelného obhospodařování lesů
Priorita 3: Podpora organizace potravinového řetězce, včetně zpracovávání zemědělských produktů a jejich uvádění na trh, dobrých životních podmínek zvířat a řízení rizik v zemědělství
Priorita 4: Obnova, zachování a zlepšení ekosystémů souvisejících se zemědělstvím a lesnictvím
Priorita 5: Podpora účinného využívání zdrojů a podpora přechodu na nízkouhlíkovou ekonomiku v odvětvích zemědělství, potravinářství a lesnictví, která je odolná vůči klimatu
Priorita 6 Podpora sociálního začleňování, snižování chudoby a hospodářského rozvoje ve venkovských oblastech

Následující tabulka ukazuje, které operační programy, resp. jejich prioritní osy, přispívají k naplnění tematických cílů EU. Je patrné, že financování vědy, výzkumu a inovací jsou určeny především operační programy Podnikání a inovace pro konkurenceschopnost, OP Věda výzkum, vzdělávání, Praha – pól růstu, ve specifických případech též Program rozvoje venkova a Integrovaný regionální operační program.

	PIK	VVV	Z	D	ŽP	IROP	PPR	R	PRV
1. Investice do výzkumu, vývoje a inovací	PO 1	PO 1					PO 1		PO 1
2. Rozvoj využívání informačních a komunikačních technologií	PO 4					PO 3
3. Zvýšení konkurenceschopnosti malých a středních podniků	PO 2							P 2, P 5	PO 2
4. Snižování energetické náročnosti ekonomiky	PO 3				PO 5	PO 2	PO 2		PO 5
5. Přizpůsobení se změně klimatu					PO 1, PO 3	PO 1			PO 4
6. Zachování a ochrana životního prostředí, účinné využívání zdrojů					PO 1, PO 2, PO 3, PO 4	PO 3		P 2, P 3	PO 5
7. Modernizace dopravní infrastruktury a ekologická doprava.	PO 3			PO 1, PO 2, PO 3		PO 1
8. Udržitelná a kvalitní zaměstnanost, podpora mobility pracovních sil			PO 1, PO 3				PO 4		PO 6
9. Sociální začleňování, boj proti chudobě a diskriminaci;		PO 3	PO 2, PO 3			PO 2, PO 4	PO 3		PO 6
10. Vzdělávání včetně odborné přípravy pro získání dovedností, celoživotního učení.		PO 2, PO 3				PO 2	PO 4		PO 2, 3, 4, 5
11. Kvalitní, efektivní a transparentní veřejná správa a instituce			PO 3, PO 4			PO 3

- Skrýt text